En las neoplasias hematológicas se ha demostrado que el hallazgo citogenético tiene un valor pronóstico independiente. La principal ventaja de la citogenética convencional es que nos permite tener información de todos los cromosomas. Sin embargo, como toda técnica, la citogenética convencional tiene una serie de limitaciones. En primer lugar, únicamente da información si se tienen células en división (metafases), por lo que no es aplicable sobre muestras fijadas o congeladas, y para ello se requieren de un tejido vivo. En otras ocasiones, la calidad de las bandas de los cromosomas no es lo suficiente óptima para que se puedan identificar los cromosomas, y también puede suceder que las células que han entrado en división sean las normales. En ocasiones, el cariotipo es tan complejo que es dificil de definir. Esto es muy frecuente en el caso de cariotipos de pacientes con tumores sólidos, y en el caso de pacientes con linfomas. Por esto, recientemente, han surgido las técnicas de hibridación in situ (FISH), tales como las técnicas de M-FISH, Spectral Katyotyping (SKY) o "cross species color banding" (RxFISH). Estas técnicas complementan a las anteriores, dado que nos permiten solventar las principales limitaciones de la citogenética convencional. Es importante remarcar, que las técnicas de FISH no son sustitutivas de las citogenéticas, y que siempre es recomendable aplicar la técnica de FISH con la orientación del diagnóstico y del resultado citogenético.

En el caso de los linfomas y en el momento del diagnóstico, la técnica de elección si se dispone de tejido fresco, es la citogenética ya que es la que nos puede revelar todas las alteraciones cromosómicas de los linformas (es la técnica con mayor especificidad). Si la muestra es lo suficiente grande, es conveniente realizar dos cultivos, uno corto de 24 horas y otro de 72 horas estimulado con TPA (mitógeno de células B). Además, en el caso de no obtenerse células en división o de observarse un cariotipo normal, se puede aplicar la técnica de FISH sobre material fijado en Carnoy con la sonda apropiada en función del diagnóstico orientativo. Si no se dispone de tejido fresco, a partir del tejido parafinado se puede aplicar FISH o biología molecular en función del diagnóstico histológico. Para el seguimiento del paciente, la técnica de elección es la PCR por su mayor sensibilidad, siempre que en el momento del diagnóstico el paciente muestre una alteración detectable mediante esta técnica.